Petit fils du colonel républicain Jean-Louis-Daniel Œhlert (1765-1814), dit "le Grand-Pierrot" venu en Mayenne pour combattre les Chouans, Daniel Œhlert est né le 1er novembre 1849 à Laval. Il débute ses études au Lycée impérial de Laval puis, pour des raisons de santé, va chez les Jésuites de Vannes. De retour à Laval, il est nommé bibliothécaire surnuméraire de cette ville en 1871, puis adjoint en 1872. Il devient bibliothécaire titulaire en 1883, mais aussi conservateur en chef des musées d'archéologie et d'histoire naturelle, tous deux situés dans le même bâtiment que la bibliothèque. En 1894, il démissionne de ses fonctions de bibliothécaire pour se consacrer uniquement à celle de conservateur.
En plus de ses missions de conservateur des musées scientifiques lavallois, il destine une grande partie de sa vie aux fossiles du Paléozoïque des terrains ordovicien et dévonien de la Mayenne. Ses recherches l'amènent à décrire plus d'une centaine de nouvelles espèces comprenant des trilobites, des lamellibranches, des gastéropodes mais surtout des brachiopodes, taxon dont il est devenu l'un des spécialistes mondiaux. En parallèle de ses travaux paléontologiques, il co-réalise la cartographie géologique de la Mayenne et publie un très grand nombre de notes sur les terrains paléozoïques du Maine, de l'Anjou, du Cotentin et de la Bretagne orientale. Il collecte des milliers de fossiles et de roches.
Il se marie le 13 janvier 1874 avec Pauline Crié (1854-1911), sa voisine de palier, alors âgée de 19 ans. Sa femme, également passionnée de géologie, sera associée à un grand nombre de ses publications, alors signées D.-P. Œhlert pour Daniel & Pauline Œhlert.
En récompense de ses travaux, il reçoit successivement les palmes académiques (1882), la croix de la légion d'honneur (1895) et la rosette d'officier de la légion d'honneur (1912).
Suite au décès de sa femme, le 22 février 1911, qui l’affecte profondément, il délaisse ses recherches scientifiques pour consacrer son énergie et sa fortune à la restauration du Vieux-Château de Laval et transformer cette ancienne prison en Musée d'archéologie et d'Histoire naturelle. Atteint d'un mal incurable, il demande à être conduit au Vieux-Château pour y mourir le 17 septembre 1920.
Daniel Œhlert lègue au Musée des Sciences toute sa collection de fossiles et de roches, riche de plusieurs milliers d'échantillons.
De part ses recherches scientifiques, il a fortement enrichit les collections géologiques lato sensu du Musée des Sciences et de part ses fonctions de conservateurs des musées archéologiques et d'Histoire naturelle, les collections générales de ces deux musées.